Hacettepe Üniversitesi İktisat Bölümü’nden mezun olmuştur. Hastane Ekonomisi alanındaki çalışması ile yine aynı üniversiteden İktisat Doktorasını alan Çalışkan doktora sonrası çalışmaları için Yeni Zelanda’da bir süre misafir öğretim elemanı olarak bulunmuştur.
Çalışma alanı Sağlık Ekonomisi ve İlaç Ekonomisi olan Çalışkan son yıllarda ilaç ekonomisi kapsamında Ekonomik Değerlendirme, Sağlık Teknolojileri Değerlendirme, Hastalık Yükü, İlaçta Geri Ödeme ve Fiyatlandırma alanlarında çalışmalarını yoğunlaştırmıştır. Bu çerçevede Sosyal Güvenlik Kurumu’nda Tıbbi ve Ekonomik Değerlendirme Komisyonu (TEDK) üyeliği de yapmıştır. Çalışkan İktisat bölümü ile Sağlık Ekonomisi ve Farmakoekonomi programında İktisada Giriş, Türkiye Ekonomisi, Sağlık Ekonomisi, İlaç Ekonomisi, Sağlık Teknolojileri Değerlendirme konularında dersler vermektedir.
Prof. Dr. Zafer Çalışkan halen İktisat Bölüm Başkanı; Aşı Enstitüsü Müdür Yardımcısı; Sağlık Ekonomisi ve Farmakoekonomi Anabilim Dalı Başkanı; Sağlık Ekonomisi ve Sağlık Politikası Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü olarak görev yapmaktadır. Prof. Dr. Zafer Çalışkan aynı zamanda ISPOR Türkiye Başkanlığını, Sağlık Ekonomisi ve Politikası Derneği (SEPD) Başkanlığını ve Değer Temelli Sağlık Derneği (DETESADER) Genel Sekreterliğini de yürütmektedir.